13世纪，成吉思汗西征，版图划至西域的伊斯兰教国家和地区。中西之间的陆上丝绸之路，随着蒙古铁骑的自由驰骋而畅通无阻。西域各国的穆斯林沿着这条大开的交通线，随着蒙古军队大量涌入中国。他们给中国带来了清真饮食文化，带来了中西文化与经济的交流，带来了有益于中国社会进步的民族成份和民族融合。

《明史·西域传》说：“元时回回遍天下”。周密《癸辛杂记》也说：“今回回皆以中原为家，江南为多。”元代在中国的穆斯林人数据估计约有百万人以上，遍布全国城乡，逐渐形成了“大分散，小集中”的地域分布特点。东南沿海城市的穆斯林蕃客，被称为“回回蕃客”，其经济实力与社会地位有了发展与提高。以“民夷杂处”著称的泉州，在当地的“回回蕃客”中，又不断增加了前来定居的阿拉伯和波斯的穆斯林商人。广州的阿拉伯商人也很多，使宋代穆斯林聚居的“蕃坊”更趋繁华。其它东南沿海有“回回蕃客”留居的城市，也都出现了穆斯林人数扩大的现象。另外，还有很多外族人归信了伊斯兰教。元代的回回人仍以经商著称，但已开始步入农业经济，逐渐与中国社会相融合。穆斯林的大规模入华和伊斯兰教在全国范围的传播，直接推动了中国清真餐饮业和清真饮食文化的发展。

元朝政权对穆斯林的基本政策是“恩威相济”、“兼容并蓄”，这种比较宽容和态度，对清真饮食业的发展从客观环境上创造了有利的气氛。但是最高统治者有时也通过行政命令，干预穆斯林的饮食习俗，而这种行政干预又束缚了经济的发展与繁荣。据《多桑蒙古史》载：成吉思汗要求臣民，“其杀所食之动物，必须缚其四肢，破胸，入手紧握其心脏；如仿穆斯林杀牲者，则应如法杀其人。”《元史》也载：元世祖至元十六年(1279年)十二月，“回回等所过供食，羊非自杀者不食，百姓苦之。帝曰：‘彼吾奴也，饮食敢不随我朝乎？’诏禁之。”有一次，一些穆斯林商人向忽必烈进贡了一只白脚红喙的隼和一只白鹫，忽必烈赐宴时，把自己桌上的食物赐给他们，他们不吃，忽必烈问为什么，他们说：“这种食物是我们所禁忌的。”忽必烈生了气，就命令穆斯林和基督教徒，今后不得以断喉法宰羊，而要按蒙古人的习俗，用剖堂法杀羊。若再有人用断喉法宰羊，就也用其法将他杀死，并将其妻子、儿女和房产给予告发者。这项干预令颁布后，很多穆斯林商人都走了，穆斯林国家的商人也不来了，致使关税锐减。7年后饱尝 苦果的朝廷才不得不取消了这项不得人心的干预令。(见《史集》第2卷346—347页，商务印书馆1985年版。)

元代的 清真饮食不仅形成了一定的规模，而且很多 清真菜肴 小吃还进入了宫廷。仁宗延礻右年间(公元1214—1321年)，有个负责皇帝营养饮食的“饮膳太医”，名忽思慧，撰写了一部《饮膳正要》，此书共分三卷，其中从皇帝所用的珍馐异馔至民间的日常蔬食淡饭，均有所述。第一卷主要是菜肴和 小吃部分，收录很多牛羊肉菜品，其中已考证出的清真食品近10种。“秃秃 麻食”是一款流传至今的著名古典清真名吃。原文载：“白面六斤，作秃秃 麻食；羊肉一脚子炒焦肉乞马。右件，用好肉汤下炒，葱调和匀，下蒜酪、香菜末。”从简单的行文看，和我们今天所吃的 麻食大致相同，只是其吃法相似于今天新疆的拌面。注意，我说的只是吃法像拌面，但绝不是拌面，其工艺还是 麻食的做法。还有“河西肺”也很驰名，做法是：“羊肺一个；韭六斤，取汁；面二斤，打糊；酥油半斤；胡椒二两；生姜二合。右件，用盐调和匀， 灌肺煮熟。用汁浇食之。”河西，在元代指宁夏、甘肃一带，当时为回回聚集的地区。由此可见，河西肺是由河西的回回带到京城，而又传入宫廷的。我们从今天西北一带穆斯林烹制牛羊肉的粗犷风格看，似乎还有“河西肺”的影子。《饮膳正要》还有很多肴馔，尽管未注明是回回食品，但从其工艺和用料看，和今天的一些清真食品有异曲同工之妙。例如“肉饼儿”，可以认为是今天 羊肉饼的前身，“精羊肉十斤，去脂膜、筋，捶为泥； 哈昔泥三钱；胡椒二两； 荜拨一两；芫荽末一两。右件，用盐调和匀，捻饼，入小油炸。”还有“杂羹”，和今天 羊杂羔肉的作法基本一样。其实，今天所说“杂羔”，就是古代“杂羹”的音变。“羹”字从羔，从美。古人的主要肉食是 羊肉，所以用“羔”、“羹”会意，表示肉的味道鲜美。至于“羹”表示汤的意思，则是以后的事。

到元末明初， 清真饮食已在社会、家庭大量普及。这时候社会上流传着一本《居家必用事类全集》，类似于生活百科大全。全书共十集，内容丰富。其中己集、庚集均为“饮食类”。特别值得重视的是，书中专门列有“回回食品”一章，收录了“设克儿疋剌、卷煎饼、糕糜、 酸汤、秃秃 麻食、八耳塔、哈尔尾、 古剌赤、海螺厮、即你疋牙、哈里撒、河西肺”等12个菜点品种。